Le HC Université Neuchâtel entretient des relations étroites avec plusieurs autres clubs. Ses principaux partenaires sont le HC La Chaux-de-Fonds, Le HC Bienne et le HC Yverdon-les-Bains
Le HC Université Neuchâtel collabore également depuis de nombreuses années avec l’autre grand club universitaire de Neuchâtel, le NUC Volleyball, notamment dans l’organisation de manifestations comme le BCN Tour.
